Como parte del acuerdo se ha establecido que los recursos del fondo deben ser transferidos, según decisión de la empresa, a una Asociación Civil, a un Fideicomiso u otra entidad jurídica permitida por ley, siendo potestad de la empresa determinar su constitución, organización, procedimientos, fines, órganos, controles y régimen interno.

Con fecha 19 de enero del 2007 se constituyó la Comisión Técnica de coordinación (CTC) del Fondo Minero Cajamarca, constituido por miembros del Gobierno Regional, la Municipalidad Provincial de Cajamarca, Yanacocha y el Obispado en representación de la Sociedad Civil. Sobre esta Comisión recae la  responsabilidad de tomar las decisiones sobre el destino de los recursos del Fondo.

Para garantizar que los fondos se utilicen en la ejecución de proyectos que aseguren el desarrollo de la región, el programa Minero de Solidaridad con el Pueblo – Cajamarca ha decido utilizar la modalidad del fideicomiso y para cuya administración se ha adoptado la siguiente estructura organizacional.: